Con Maverick Viñales por los sueños, Sandro Cortese pasó a comandar la tabla de tiempos de los segundos entrenamientos libres en el circuito de Motegi. Maverick se conformó con la segunda plaza, por delante de Zulfahmi Khairuddin. Luis Salom concluyó sexto

La tarde se abrió paso y la bandera verde ondeó en el ‘pit-line’. Los segundos entrenamientos libres del Gran Premio de Japón arrancaron puntales y los pilotos de la categoría de Moto3 salieron a disputar los 40 minutos establecidos por reglamento. Última sesión del viernes; había que aprovecharla, quitarse deberes pendientes de cara a la jornada del sábado. El piloto más rápido durante la FP1 de la mañana fue Jonas Folger, 2’00.219.

Maverick Viñales (Blusens Avintia) continúa con la mala suerte. Una caída, a 12 minutos para el final, cortó la progresión positiva del piloto de Roses. Su moto perdió la adherencia de la rueda trasera y Maverick echó por tierra el resto del entrenamiento. Mala cara para Viñales, segundo, mientras que Sandro Cortese (Red Bull KTM Ajo) no falla. El alemán terminó la sesión como el piloto más rápido, 1’59.448. Zulfahmi Khairuddin mantuvo la tercera posición de la FP1, esta vez a 0.490s de Cortese. Cuarto, con caída incluida, Romano Fenati (Team Italia FMI). Luis Salom (RW Racing GP) escaló por la tabla de tiempos hasta colarse en la sexta posición, por delante de Miguel Oliveira (Estrella Galicia 0,0). La novena plaza fue para Jonas Folger (Mapfre Aspar Team moto3), que no logró mejorar su tiempo matutino.
 
A 1.114s de Sandro Cortese, undécimo, terminó Álex Rins (Estrella Galicia 0,0), En la decimotercera plaza apareció Alberto Moncayo (Andalucía JHK T-Shirt Laglisse). Algo más rezagado, decimoquinto, Álex Márquez (Ambrogio Next Racing). El siguiente español fue Efrén Vázquez (JHK T-Shirt Laglisse), vigésimo. Adrián Martín (JHK T-Shirt Laglisse) recibió el banderazo en la vigesimotercera plaza, justo por delante de Isaac Viñales (Ongetta-Centro Seta). Viñales tuvo oportunidad de montar su máquina en estos segundos libres, ya que durante los primeros decidieron trabajar sobre la FTR Honda desde el garaje. Josep Rodríguez (Moto FGR) fue el último compatriota clasificado, trigésimo primero, de 34 pilotos inscritos.