Dani Pedrosa y Jorge Lorenzo iniciaron la contienda desde los entrenamientos libres. En la FP2, Pedrosa se proclamó el piloto más rápido de la categoría reina, perseguido muy de cerca por Jorge Lorenzo y Andrea Dovizioso. Valentino Rossi fue quinto y Casey Stoner terminó séptimo

Turno de la categoría reina para disputar los segundos entrenamientos libres del Gran Premio de Japón. Una temperatura ambiental de 23ºC y 40ºC en el asfalto, 45 minutos de sesión y toda la parrilla fuera de sus garajes, trabajando sobre la pista de cara a la jornada del sábado. Intensa tanda, donde los mecánicos no han cesado de utilizar la llave inglesa. El tiempo de referencia lo establecía Jorge Lorenzo durante la FP1, 1’46.558

Jorge Lorenzo (Yamaha Factory Team) va a su rollo. Disfrutando como un enano sobre su M1 y liderando la mayor parte de los minutos del libre. Solamente puede discutirle Dani Pedrosa (Repsol Honda Team), que le robó el mejor tiempo en los últimos compases del entrenamiento, 1’46.088. Lorenzo fue segundo, a 0.102s de Pedrosa. Andrea Dovizioso (Monster Yamaha Tech3) conservó la tercera plaza, gracias a su espectacular ritmo y a su regularidad. Stefan Bradl (LCR Honda MotoGP) coló su Honda satélite en la cuarta posición, por delante de Valentino Rossi (Ducati Team). Rossi se puso las pilas. Corriendo en solitario, consiguió pelear por la cabeza de la tabla. El italiano ya lo había advertido: “la Ducati en Motegi es competitiva”. El sexto puesto se lo adjudicó Ben Spies (Yamaha Factory Team), que terminó por delante del lesionado Casey Stoner (Repsol Honda Team). Al australiano, su desgarro de tobillo le está pasando factura en su retorno. El siguiente español fue Álvaro Bautista (San Carlo Honda Gresini), octavo. Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech3) fue noveno, mientras que Nicky Hayden (Ducati Team) puso el candado a los diez mejores. Héctor Barberá (Pramac Racing Team) concluyó duodécimo, a 2’144s del tiempo establecido por Dani Pedrosa.

Con respecto al capítulo CRT, Aleix Espargaró (Power Electronics Aspar) se mantiene al frente, decimotercero, por delante de la MotoGP de Karel Abraham (Cardio AB Motoracing) y de su compañero de equipo, Randy de Puniet (Power Electronics Aspar), ambos caídos durante la sesión. Iván Silva (Avintia Blusens), recién incorporado al Mundial tras recuperarse de un accidente, firmó el vigesimoprimer puesto.