Sin problemas, Dani Pedrosa fue capaz de capitanear la tabla de tiempos de los primeros entrenamientos libres del Gran Premio de Malasia Casey Stoner y Jorge Lorenzo ocuparon la segunda y tercera plaza, respectivamente Randy de Puniet fue el más rápido de la categoría CRT

Segundo turno. Esta vez salieron a rodar las máquinas de la alta cilindrada. Los pilotos de MotoGP se enfrentaron por primera vez esta temporada al circuito de Sepang, para disputar el primer ensayo libre del fin de semana. El Gran Premio de Malasia dio la bienvenida a la categoría reina con una temperatura de 30ºC y alrededor de 40ºC en el asfalto. Dani Pedrosa consiguió la ‘pole position’ el año pasado, con un registro de 2’01.462.

Dani Pedrosa (Repsol Honda Team) comandó la tabla general de principio a fin. Dictatorial, Pedrosa dominó la FP1, estableciendo un crono de 2’01.621 en su vuelta nº10 de un total de 16. Casey Stoner (Repsol Honda Team) volvió a demostrar que es capaz de ir tan rápido como su compañero de equipo, a pesar de sus siete semanas lejos del asfalto mundialista. Realizó tandas largas para poner a prueba, tanto a su moto como a su tobillo lesionado, y concluyó segundo a 0.152s de Pedrosa. Jorge Lorenzo (Yamaha Factory Team) fue tercero, cerrando el ‘top tres’ de pilotos capaces de rebasar el 2’01. A 0.615s de la cabeza, Andrea Dovizioso (Monster Yamaha Tech3) se adjudicó la cuarta plaza, por delante de su colega de box, Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech3). Justo detrás de las Yamaha satélite, en el sexto puesto, apareció Ben Spies (Yamaha Factory Team). El ‘rookie’ de la categoría, Stefan Bradl (LCR Honda MotoGP) fue séptimo. A su rueda, la primera Ducati, Nicky Hayden (Ducati Team). Álvaro Bautista (San Carlo Honda Gresini) consiguió la novena plaza, por delante de un motivado Héctor Barberá (Pramac Racing Team). Barberá colocó a su Desmosedici décima, frente a la de  Valentino Rossi (Ducati Team). El nº46 de la parrilla tuvo un comienzo difícil. A una distancia de 1’653s del líder, con salidas de pista incluidas, Rossi se resignó con colocar la Ducati en la undécima posición.

En cuanto al capítulo CRT, Randy de Puniet (Power Electronics Aspar) se llevó el gato al agua, decimotercero y referente de la subcategoría. Aleix Espargaró (Power Electronics Aspar) se situó por detrás, a 0.048s de su amigo de garaje. El último español fue Iván Silva (Avintia Blusens) terminó vigésimo.