El discípulo de Aspar, Jonas Folger, repitió como líder de la tabla de tiempos también en la tercera tanda de entrenamientos libres del Gran Premio de Malasia Los pilotos del Estrella Galicia 0,0, Alex Rins y Miguel Oliveira, ocuparon la segunda y tercera plaza, respectivamente Sandro Cortese, cuarto, y Luis Salom, quinto
Amaneció en el circuito de Sepang con el cielo cubierto, tras una noche pasada por agua. Con la pista parcheada, el termómetro marcó 26ºC de temperatura ambiente y 31ºC en el asfalto. Precaución absoluta por las condiciones intermedias de la pista. Los pilotos de Moto3 arrancaron sus máquinas para disputar los terceros entrenamientos libres del Gran Premio de Malasia. En la jornada del viernes, Jonas Folger fue el único y claro dominador de la categoría pequeña del campeonato. El alemán estableció el mejor crono en la FP2, 2’05.038.
Jonas Folger (Mapfre Aspar Team Moto3), con trallazos incluidos, volvió a repetir como el piloto más rápido en la FP3, 2’13.953. Álex Rins (Estrella Galicia 0,0) consiguió ponerse segundo, a 0.676s. Su compañero de equipo, Miguel Oliveira (Estrella Galicia 0,0), lo custodió desde la tercera plaza. El líder de la general, Sandro Cortese (Red Bull KTM Ajo) se adjudicó el cuarto mejor tiempo, a 1.104s de Folger. Justo detrás, quinto, Luis Salom (RW Racing GP). Efrén Vázquez (JHK T-Shirt Laglisse) logró colar su FTR Honda en la novena plaza, por delante de Romano Fenati (Team Italia FMI). Descolgado, undécimo, el ganador de la última carrera en Japón, Danny Kent (Red Bull KTM Ajo). A su espalda, en progresión, Adrián Martín (JHK T-Shirt Laglisse). El piloto local Zulfahmi Khairuddin (AirAsia-Sic-Ajo) sufrió una caída, sin consecuencias para él, y firmó la decimotercera posición.
En cuanto al resto de españoles, Álex Márquez (Ambrogio Next Racing) terminó decimoquinto, perseguido por Alberto Moncayo (Andalucía JHK T-Shirt Laglisse). Josep Rodríguez (Moto FGR) rebasó la línea de meta en la vigesimoprimera plaza e Isaac Viñales (Ongetta-Centro Seta) recibió el banderazo vigesimosexto de 31 pilotos. Caída por orejas de Niklas Ajo (TT Motion Events Racing). El finlandés, aunque se marchó por su propio pie, se golpeó fuertemente.